Budynki więzienia i sądu zostały wybudowane w 1897 r. W pawilonie więziennym mieściły się dodatkowo biura, garaże, piekarnia, wartownia oraz chlewnia. W okresie wojny było przeznaczone dla młodocianych kobiet (sto miejsc). Przebywały w nim dziewczęta skazane wyrokami sądów krajowych w Gdańsku, Królewcu, Poznaniu i Szczecinie. Podczas okupacji jednostka służyła również niemieckiej policji jako miejsce izolowania osób przewidzianych do wysłania do obozów koncentracyjnych. Po zakończeniu wojny więzienie przejęła administracja polska, jednak budynki wymagały remontu z uwagi na znaczne zniszczenia (koszt wyceniono na 334 500 zł). Więzienie w Malborku działało do grudnia 1951 r., kiedy to zostało przemianowane na areszt śledczy (w gdańskim WUBP powstał nawet plan całkowitej likwidacji jednostki). Zmniejszono wtedy jego pojemność i ustalono realną liczbę funkcjonariuszy. Do kolejnych zmian doszło w 1955 r., kiedy jednostkę przekształcono w zakład poprawczy o ciężkim rygorze (młodociani mężczyźni do 21 roku życia). We wrześniu 1967 r. otworzono w nim szkołę dla pracujących przeznaczoną jedynie dla wychowanków zakładu. Po likwidacji schroniska 4 kwietnia 1984 r. w Ministerstwie Sprawiedliwości zapadła decyzja o utworzeniu aresztu śledczego (działał od 8 marca 1989 r.). Od 1998 r. jednostka funkcjonuje jako zakład karny.